ZOOM Lite

Апісанне

ZOOM Lite - гэта праграмнае забеспячэнне для адлюстравання і візуалізацыі дадзеных паслядоўнасці наступнага пакалення. Карыстальнікі ўводзяць спасылачныя геномы, а Illumina/Solexa - кароткія файлы для чытання альбо каляровая прастора AB SOLiD - файлы ў розных фарматах, такіх як * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta і г.д. ZOOM выводзіць вынікі адлюстравання гэтых кароткіх чытае на апорнай паслядоўнасці. ZOOM Lite мае хуткае і дакладнае адлюстраванне ядра, заснаванае на нядаўна распрацаванай тэорыі некалькіх разнесеных насення. Можна апрацоўваць як аднабаковыя, так і парныя чытанні рознай даўжыні ад 15 біт да 240 біт. Дапускаецца любая колькасць несупадзенняў і адна ўстаўка/выдаленне рознай даўжыні паміж счытваным і яго мэтавым рэгіёнам у апорнай паслядоўнасці. Унікальна адлюстраваныя вынікі альбо лепшыя (верхнія N) вынікі для кожнага прачытання будуць паведамляцца ў адпаведнасці з мінімальнай неадпаведнасцю і даўжынёй indel. Ацэнкі якасці выкарыстоўваюцца для павышэння дакладнасці адлюстравання. На аснове ядра адлюстравання ZOOM Lite дазваляе карыстальнікам загружаць лакальныя дадзеныя прачытання і дадзеныя паслядоўнасці спасылак, выбіраць належныя параметры, апрацоўваць паралельна вялікія аб'ёмы да чатырох працэсараў, кантраляваць запушчаныя задачы, захоўваць вынікі адлюстравання, праглядаць графікі вынікі адлюстравання і вынікі адлюстравання вынікаў альбо ў фарматах * .BED, альбо * .GFF для далейшага абследавання з улікам інфармацыі пра адсочванне аглядальніка UCSC. Вынікі супастаўлення можна праглядаць у любым жаданым маштабе, пачынаючы ад графіка глыбіні счытвання па ўсёй храмасоме і заканчваючы дэталёвым выраўноўваннем паслядоўнасці паміж чытаннямі і эталоннай паслядоўнасцю. Карыстальнікі лёгка перамяшчаюцца па цікавых рэгіёнах, проста націскаючы і перацягваючы альбо пракручваючы. ZOOM Lite - вытворнае праграмнае забеспячэнне ZOOM Studio.