FlexS

Апісанне

FlexS прадказвае канфармацыю і арыентацыю аднаго з лігандаў адносна іншага. У FlexS мяркуецца, што эталонны ліганд з'яўляецца цвёрдым, таму ён павінен быць нададзены ў канфармацыі, падобнай да звязанага стану. Алгарытм суперпазіцыі ў FlexS патрабуе толькі невялікага ручнога ўмяшання. Вы можаце інтэграваць гэтыя веды ў вылічэнні з FlexS, выконваючы асобныя крокі ўручную. Такім чынам, FlexS прызначаны для інтэрактыўнай працы над парамі лігандаў, а таксама для віртуальнага скрынінга на аснове лігандаў. Два асноўных прымянення FlexS - суперпазіцыянаванне ліганда (напрыклад, для CoMFA/QSAR) і віртуальны скрынінг. Калі ў вас ёсць бялок і невялікая малекула, якая звязваецца з ім (так званы эталонны ліганд), але няма структуры бялку, вы можаце прыняць эталонную структуру за адмоўны адбітак актыўнага цэнтра. FlexS вызначае падабенства паміж тэставай і эталоннай структурамі шляхам іх выраўноўвання. Пры віртуальным скрынінгу ў вас ёсць эталонны ліганд і набор злучэнняў, і вы зацікаўлены ў расстаноўцы прыярытэтаў злучэнняў для эксперыментальнага тэставання.