RAPTOR

Апісанне

RAPTOR - гэта інавацыйнае праграмнае забеспячэнне, распрацаванае для дакладнага прагназавання структуры бялку. Ён аб'ядноўвае перадавыя інструменты аналізу ў адно інтэграванае праграмнае рашэнне і забяспечвае тры розныя метады разьбы. Унікальны падыход аптымізацыі праграмавання RAPTOR найбольш эфектыўны для пошуку шаблонаў структуры мішэняў з нізкай гамалогіяй паслядоўнасці і здольны ствараць высакаякасныя мадэлі. Просты ў карыстанні інтэрфейс і зразумелыя значэнні E ідэальна падыходзяць для пачаткоўцаў і экспертаў. Перш за ўсё, інтуітыўнае адлюстраванне вынікаў дазваляе карыстальнікам зразумець вынікі проста з першага погляду. Улічваючы мэтавую паслядоўнасць бялку, калі ёсць гамалагічны бялок з вядомай 3D-структурай, яго можна знайсці з дапамогай інструментаў пошуку паслядоўнасцей, такіх як PSI-BLAST, таксама прадастаўленых у RAPTOR. Потым структура мэты будуецца з вядомай структуры; аднак, калі гамалогія паслядоўнасці не з'яўляецца значнай, гэта значыць менш за 25%, PSI-BLAST не можа атрымаць упэўнены ўдар. У адрозненне ад PSI-BLAST, які проста робіць пошук паслядоўнасці, разьба бялкоў, распазнаванне зморшчын выкарыстоўвае інфармацыю як пра гамалогію, так і пра структуру. Ён скануе бялковую паслядоўнасць з невядомай структурай на аснове базы дадзеных вядомых структур. Выкарыстоўваючы бальную функцыю і праводзячы аналіз сумяшчальнасці трохмерных структур і лінейных бялковых паслядоўнасцей, будзе вызначаны лепшы структурны шаблон, з якога будзе пабудавана структура паслядоўнасці. У выніку бялковая разьба дае лепшае прадказанне, чым мадэляванне гамалогіі, калі існуе гамалогія маргінальнай паслядоўнасці.